Com o reator perigosamente instável por conta de múltiplos ataques do BRAI, Leon supõe que a culpa seja de um possível vazamento proveniente de seu núcleo.
Com o sistema operacional falhando, a equipe deve parar um BRAI no formato de centopeia que tem destruído instalações importantes fora dos muros da cidade.
Por conta dos efeitos colaterais pelo uso do sistema hiperpropulsor, Leon leva a equipe à sua antiga cabana para que eles possam reparar seus veículos danificados.
A batalha pelo controle da cidade chega a um final dramático. O misterioso Zeek, um conselheiro e aliado do Sr. Gold, aparece diante de um Leon exausto.
Após grave escassez de alimentos devido aos recentes ataques de BRAI, a equipe de Pandora deve acompanhar um comboio de suprimentos de volta à cidade em segurança.
Enquanto Leon se recupera dos ferimentos sofridos nas mãos de Zeek, os membros de Pandora que utilizam o sistema de hiperpropulsor se deparam com um fenômeno estranho.
Depois que misteriosa explosão de energia arrasa uma cidade próxima, a equipe precisa descobrir um modo de impedir que sua própria cidade seja destruída da mesma maneira.
Depois que um misterioso BRAI o contata, Doug pergunta a Leon se as suas personalidades permanecerão as mesmas, depois que eles se fundirem com seus veículos.
Um enxame de abelhas BRAI avança em direção às muralhas da cidade, mas Leon não acredita que suas intenções sejam hostis e pede que a unidade de Gren se retire.